Дар шуъбаи депозитарии Китобхонаи миллии Тоҷикистон беш аз 41 ҳазор нусха китоб гирдоварӣ карда шудааст, ки ҳар кадоме дар алоҳидагӣ бойигарии китобхона маҳсуб мешавад. Дар ин хусус ба АМИТ «Ховар» аз Китобхонаи миллии Тоҷикистон хабар доданд.
Дар фонди ин шуъба китобҳое нигоҳдорӣ мешаванд, ки бо имзои махсуси шахсиятҳои машҳур тақдим ва ё аз тарафи эшон хонда шудаанд. Аз ҷумла, дар ин шуъба нусхаи китоби соли 1923 дар нашриёти Тошканд чопшудаи Садриддин Айнӣ нигаҳдорӣ мешавад.
Шуъбаи депозитарӣ яке аз шуъбаҳои таркибии Китобхонаи миллии Тоҷикистон буда, фонди онро асосан асарҳои камистифодашаванда, асарҳои нодири дорои қимати илмӣ ва нусхаҳои зиёдатии асарҳо ташкил медиҳанд. Дар шуъбаи депозитарӣ асарҳои аз солҳои 1700 то соли 2015 нашршуда ҳифзу нигоҳдорӣ мешаванд.
Таркиби фонди шуъба аз маводи шакли чопӣ –китобу маҷаллаҳо ва варақаҳои изографӣ (мусаввараҳо) иборат аст. Ин ҳуҷҷатҳо аз ҷиҳати мазмун асарҳои камистифодашаванда буда, қимати баланди илмӣ доранд, ба монанди натиҷаи корҳои илмӣ-таҳқиқотӣ (экспедитсияҳо), асарҳои олимони ҷаҳон, маълумотномаҳо (энсиклопедия, луғат, фарҳанг), ки бо забонҳои русиву тоҷикӣ ва бо ҳуруфи лотинию сирилик нашр гардидаанд.